选择结晶器时，要全面考虑许多因素，例如：所处理物系的性质，希望晶体产品的粒度及粒度分布范围，生产能力的大小，设备费和操作费，等等。可见问题比较复杂，没有简单的规则可循，在很大程度上要凭实际经验。费用和占地大小也是需要考虑的重要因素。一般来说，连续操作的结晶器要比分批操作的经济些，尤其产率大时事这样。如果生产速率大于1(t/d),用连续操作较好。蒸发式和真空式结晶器需要相当大的顶部空间，但在同样产量下，他们所占地面要比冷却卧式结晶器小得多。
有些简单的冷却式结晶器，尤其敞槽式的，造价比较便宜，但冷却式机械结晶器（例如长槽搅拌式）的造价却相当高，他们的维修费也相当可观。另一方面，机械结晶器不需要昂贵的产生真空的设备。冷却式结晶器的另一缺点是他们的传热表面与溶液接触的一面往往有晶体聚结成晶疤，与冷却水接触的一面又容易有水垢沉淀，其结果是既降低冷却效率又增加除疤除垢的麻烦。这类麻烦问题在蒸发式结晶器中也会遇到。至于真空式结晶器，他们没有换热表面，所以没有这类麻烦，但他们不适用于沸点升高得很多的溶液，例如烧碱溶液的结晶。